Um novo estudo de cientistas da universidade USC (University of Souther California) mostra que uma nova droga poderia ser usada para ajudar pacientes com câncer de ovário que não estão respondendo as …
Novo medicamento para câncer de ovário
Um novo estudo de cientistas da universidade USC (University of Souther California) mostra que uma nova droga poderia ser usada para ajudar pacientes com câncer de ovário que não estão respondendo as …
Report 02/10/12
Bioconductor Libraries to learn
http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/vignettes/topGO/inst/doc/topGO.pdf
Keggapi
Updated R to version 2.15
echo "deb http://cran.mirrors.hoobly.com/bin/linux/ubuntu precise/" >> /etc/apt/sources.list gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9 gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
Installed
http://www.omegahat.org/RCurl/FAQ.html
Biomart
library(KEGGSOAP)
genes <- get.genes.by.pathway(“path:hsa04340”)
#for each gene
genes <- sub(“(hsa:)”, “”, genes)
length(genes)
genes
#biomart
library(“biomaRt”)
ensembl = useMart(“ensembl”,dataset=”hsapiens_gene_ensembl”)
goids = getBM(attributes=c(‘entrezgene’,’go_id’), filters=’entrezgene’, values=genes, mart=ensembl)
Report 21/09/12
Indel Detection
Atlas, Dindel
ruby1.9.1 /lgc/programs/Atlas2_v1.4.1/Atlas-Indel2/Atlas-Indel2.rb -b ../../input/Exome_1_RP.realigned-recalibrated.bam -r /lgc/datasets/gatk_data/hg19/ucsc.hg19.fasta -o rms_indel -S
Varid Indel
varid_exec -a ../../../../input/Exome_1_RP.realigned-recalibrated.sam -r /lgc/datasets/gatk_data/hg19/ucsc.hg19.fasta -o varid_rms_detection –threads 4 –format vcf
Phasing Beagle
Vídeos and podcasts for traveling
http://www.openhelix.com/ENCODE2
http://www.openhelix.com/ENCODE
3d slide transitions on OpenOffice
Today I installed:
sudo apt-get install openoffice.org-ogltrans
And now I’m able to make 3d slide transitions on OpenOffice
Replication studies: Bad copy
This week I read an article about how hard is to replicate published studies.
http://www.nature.com/news/replication-studies-bad-copy-1.10634
Agora sim!
Bom, depois de muito tempo refletindo sobre a melhor maneira de registrar as atividades do meu doutorado decidi que a melhor maneira de manter tudo organizado seria atraves deste blog.Porém com algumas ressalvas, apesar do blog se chamar Openscience pretendo manter os registros das atividades fechadas e postar mais sobre topicos em que ando trabalhando. Anteriormente estive usando um documento no google docs que se tornou extremamente grande, esse foi o maior motivo que me fez migrar para cá! Para isso preparei uma lista de alguns temas que considero comuns na area da Bioinformatica:
Markov
Burrows-Wheller
Montecarlo
Bayes
SVD
PCA
SVM
Libraries to generate plot for Bioinformatics
Less without WordWrap
To visualize big files on terminal without linebreaks you can use the command “less -S”