Report 02/10/12

Bioconductor Libraries to learn

http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/vignettes/topGO/inst/doc/topGO.pdf

Keggapi

Updated R to version 2.15

echo "deb http://cran.mirrors.hoobly.com/bin/linux/ubuntu precise/" >> /etc/apt/sources.list
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

Installed

http://www.omegahat.org/RCurl/FAQ.html

Biomart

library(KEGGSOAP)
genes <- get.genes.by.pathway(“path:hsa04340”)
#for each gene
genes <- sub(“(hsa:)”, “”, genes)
length(genes)
genes
#biomart
library(“biomaRt”)
ensembl = useMart(“ensembl”,dataset=”hsapiens_gene_ensembl”)

goids = getBM(attributes=c(‘entrezgene’,’go_id’), filters=’entrezgene’, values=genes, mart=ensembl)

 

 

Report 21/09/12

Indel Detection

Atlas, Dindel

ruby1.9.1 /lgc/programs/Atlas2_v1.4.1/Atlas-Indel2/Atlas-Indel2.rb -b ../../input/Exome_1_RP.realigned-recalibrated.bam -r /lgc/datasets/gatk_data/hg19/ucsc.hg19.fasta -o rms_indel -S

Varid Indel

varid_exec -a ../../../../input/Exome_1_RP.realigned-recalibrated.sam -r /lgc/datasets/gatk_data/hg19/ucsc.hg19.fasta -o varid_rms_detection –threads 4 –format vcf

Phasing Beagle

Agora sim!

Bom, depois de muito tempo refletindo sobre a melhor maneira de registrar as atividades do meu doutorado decidi que a melhor maneira de manter tudo organizado seria atraves deste blog.Porém com algumas ressalvas, apesar do blog se chamar Openscience pretendo manter os registros das atividades fechadas e postar mais sobre topicos em que ando trabalhando. Anteriormente estive usando um documento no google docs que se tornou extremamente grande, esse foi o maior motivo que me fez migrar para cá! Para isso preparei uma lista de alguns temas que considero comuns na area da Bioinformatica:

Markov

Burrows-Wheller

Montecarlo

Bayes

SVD

PCA

SVM